Met de inwerkingtreding van de Waterwet (Wtw) op 22 december 2009 maken de waterbodems niet langer onderdeel uit van de Wet bodembescherming (Wbb), maar vallen zij onder de Waterwet. Het waterbodembeheer wordt voortaan gereguleerd vanuit het watersysteembeheer. Dit houdt in dat bodem en oevers van oppervlaktewaterlichamen, met uitzondering van drogere oevergebieden, onder de Waterwet vallen. De Wet bodembescherming is nog steeds van toepassing op de landbodem en op drogere oevergebieden. Drogere oevergebieden zijn gebieden die expliciet als zodanig zijn aangewezen in de Waterregeling (voor rijkswateren) of een provinciale verordening (voor regionale wateren).

Zeer recent is er een grote aanvulling op de richtlijn online gezet. Bodem+ treedt vanaf 1 januari op als uitvoeringsorganisatie, als ‘kwaliteitsbewaker’ en als verantwoordelijke voor het functioneel beheer van de richtlijn.